居住在真新镇的小智立志成为*强的神奇宝贝训练师。真新镇的男孩满十岁之后就必须开始训练师的修行旅程,就这样开始了本篇的故事,为了成为**流的训练师,修行的路途是遥远而艰辛的。
修行旅程的**天,小智因为睡过头,神奇宝贝们早就被其他的对手通通带走了,只留下了*后一只神奇宝贝。
于是,小智便和*后一只神奇宝贝[皮卡丘]一起踏上修行的旅程,但皮卡丘却令小智伤透了脑筋,皮卡丘不喜欢狭窄的地方,也不愿进神奇宝贝球,对它说的话也完全不听。
虽然如此,小智仍充满精力地继续旅程,在旅行途中认识了小霞,也一起经历了许多危机,现在小智等人正在往深灰市的路上……