《新安医学学术思想精华》分上、中、下三篇。上篇为绪论，主要介绍新安医学及其形成的历史原因，新安医家学术思想发明的实践和理论基础，学术思想形成的不同类型和主要特点等内容。中篇为新安医学十大学术思想，分十个专题分别介绍影响较大或较为独特的医家学说。下篇为新安医家理法方药发挥，分十九个小的专题，分别介绍与基础理论、诊断、临床、方药等有关以及有独特见解的学术观点。
对于十大学术思想的每一个专题，再分为学术发明、历史贡献、临床应用、现代评价等四个层次进行讨论。理法方药发挥的每个专题，则以学术源流、基本内容、现代评价等三个层次进行讨论。这种层次安排，旨在突出该学术思想产生的学术背景、核心内容、学术价值及其潜在的科学原理。
本书属于研究性专著，所讨论的新安医家学术思想都以原著为依据，并尽可能系统地摘录其精华内容，但非简单的抄录，而是进行多角度地发掘和凝练，以体现其精华价值所在。学术思想有以原文简短语句为标题者，亦有编者根据医家原意重新凝练为简短语句者。所涉及的新安医家古今文献，都尽可能著录清楚。古代文献多随文著录到原书的二或三级标题，少数难于理解的字义，均以随文设(注)的方式置于相关字词后，其他

上篇 绪论
新安医学学术思想精华，是从总体上对新安医家群体的学术思想进行总结、归纳、提炼，阐明其学术源流，辨析其学术特点，突出其历史贡献，评价其科学价值的综合性学科。了解新安医学学术��想精华，对继承新安医家学术经验和指导现代临床，有着重要的现实意义。
一、新安医学及其兴起的历史原因
新安医学在中国医学史上产生过重要的影响，它的兴起和发展有着特殊的社会、经济、文化背景，新安医学也是明清时期新安地区的一种中医药文化现象。
（一）新安医学和新安医家的基本含义
新安医学是以始于宋元，盛于明清，在新安地区和新安籍寓外医家从事医学活动为对象的中医药研究领域，是“徽学”的重要组成部分。新安医学也是中国医学史上因医家众多，医著鸿富，影响深远的特定历史时期的地区医学和学术群体，它有着特定的时间、地域、人物和事件的内在联系。
……

上篇 绪论
一、新安医学及其兴起的历史原因
（一）新安医学和新安医家的基本含义
（二）新安医学兴起的历史原因分析
二、新安医家学术思想发挥的理论与实践基础
（一）勇于实践，勤于思考，是新安医家学术发明的根本原因
（二）孔孟儒学，仁爱之心，是新安医家学术发明的内在动因
（三）宋明理学，格物致知，是新安医家学术发明的认识静
（四）学风严谨，重视实证，对新安医家学术思想的形成有着重要影响
三、新安医学温补培元学术思想的传播与影响
（一）与汪机有师承渊源关系的医家传承
（二）受汪机学术影响的医家及其运用
（三）新安籍寓外医家对温补培元的发挥
四、新安医学十大学术思想的类型和特点
（一）勤于思考，原创性的学术发明
（二）善于继承，创新性的学术发挥
五、新安医家的理法方药发挥
（一）观察结合思辨
（二）继承又有创新
（三）善于总结经验，推广应用
（四）敢于冲破旧说，阐发新知
中篇 新安医学十大学术思想
汪机·营卫一气说
一、“营卫一气说”的学术发明
（一）阴阳气血有余不足的学术源流与认识上的混乱
（二）汪机所处的学术环境与自身的理论基础
（三）“营卫一气说”的基本内容
二、“营卫一气说”的历史贡献
（一）融东垣补气与丹溪补阴于一炉
（二）提供“调补营气”的临床经验
三、“营卫一气说”的临床应用
（一）汪机应用验案举例
（二）现代应用验案举例
四、“营卫一气说”的现代研究评述
（一）从非特异性免疫物质在脉管内外出入看“营卫一气说”
（二）从“卫津一体”和“人体热代谢”看“营卫一气说”
（二）从“人参、黄芪药对”的多效性看补营的多元价值
孙一奎·动气命门说
一、“动气命门说”的学术发明
（一）学术源流与认识上的混乱
（二）学术发明的环境和理论基础
（三）“动气命门说”的基本内容
二、“动气命门说”的历史贡献
（一）对人体生命理论研究的贡献
（二）重视温养元气的应用价值
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下篇 新安医学理法方药发挥