生物信息学是生命科学研究的重大前沿领域之一。本书首先概述了生物信息学的基本概念、发展历史与存在的问题。**部分介绍了生物信息学的基础知识，包括生物信息学数据库、比对工具和结构预测。第二部分介绍了基因组学、蛋白质组学和转录组学分析策略，第三部分系统生物学和分子进化分析，*后阐述了生物信息学的研究开发平台，如生物统计和生物信息学编程工具。每个章节之后，都附有权威参考文献和思考题。

序
第二版前言
**版前言
**章 生物信息学的概念及其发展历史
　**节生物信息学的发展历史
　第二节生物信息学的研究领域
　第三节生物信息学的主要应用
　第四节 生物信息学面临的挑战
　思考题
　参考文献
第二章 生物学数据库及其检索
　**节生物学数据库简介
　第二节生物学数据库的内容与结构
　第三节生物学数据库的检索
　思考题 序
第二版前言
**版前言
**章 生物信息学的概念及其发展历史
　**节生物信息学的发展历史
　第二节生物信息学的研究领域
　第三节生物信息学的主要应用
　第四节 生物信息学面临的挑战
　思考题
　参考文献
第二章 生物学数据库及其检索
　**节生物学数据库简介
　第二节生物学数据库的内容与结构
　第三节生物学数据库的检索
　思考题
　参考文献
第三章序列比对原理
　**节序列比对相关概念
　第二节序列比对打分方法
　第三节序列比对算法
　第四节序列比对工具
　第五节多序列比对
　思考题
　参考文献
第四章 蛋白质结构预测与分析
　**节蛋白质结构组织层次
　第二节蛋白质结构的测定与理论预测
　第三节蛋白质对接
　第四节蛋白质折叠与疾病
　思考题
　参考文献
第五章 真核生物基因组的注释
　**节 蛋白质编码基因的注释
　第二节RNA基因的注释
　第三节重复序列的注释
　第四节假基因的注释
　第五节 案例分析：黄瓜基因组的注释
　思考题
　参考文献
第六章蛋白质组学
　**节蛋白质组学概述
　第二节 蛋白质的大规模分离鉴定技术
　第三节蛋白质的翻译后修饰
　第四节蛋白质分选
　第五节蛋白质相互作用
　思考题
　参考文献
第七章系统生物学
　**节 系统生物学基本概念
　第二节 系统生物学基本技术与方法
　第三节先进的成像技术
　第四节基因表达调控网络
　第五节代谢网络
　第六节信号转导途径
　第七节 蛋白质一蛋白质相互作用网络
　第八节虚拟细胞
　思考题
　参考文献
第八章合成生物学
　**节合成生物学概述
　第二节合成生物学基础研究经典实例
　第三节 合成生物学应用研究经典实例
　思考题
　参考文献
第九章分子进化与系统发育
　**节分子进化与系统发育
　第二节 分子系统发育树的构建方法
　第三节系统发育树构建及应用
　思考题
　参考文献
第十章统计学习与推理
　**节统计学习与推理基础
　第二节统计模型与参数推断
　第三节 聚类分析、主成分分析与Fisher判别
　第四节 贝叶斯推理
　第五节隐马尔可夫模型
　第六节动态神经网络
　第七节支持向量机
　第八节MATLAB的应用实例
　思考题
　参考文献
第十一章 生物信息学编程基础
　**节Linux操作系统
　第二节 生物信息学中的编程语言
　第三节SQL及数据库编程
　第四节并行计算
　思考题
　参考文献
第十二章第二代测序技术及其应用
　**节测序技术概述
　第二节第二代测序原理
　第三节第二代测序技术的应用
　第四节 生物信息学在第二代测序中的应用
　思考题
　参考文献
彩版 序

第二版前言

**版前言

**章 生物信息学的概念及其发展历史

　**节生物信息学的发展历史

　第二节生物信息学的研究领域

　第三节生物信息学的主要应用

　第四节 生物信息学面临的挑战

　思考题

　参考文献

第二章 生物学数据库及其检索

　**节生物学数据库简介

　第二节生物学数据库的内容与结构

　第三节生物学数据库的检索

　思考题

　参考文献

第三章序列比对原理

　**节序列比对相关概念

　第二节序列比对打分方法

　第三节序列比对算法

　第四节序列比对工具

　第五节多序列比对

　思考题

　参考文献

第四章 蛋白质结构预测与分析

　**节蛋白质结构组织层次

　第二节蛋白质结构的测定与理论预测

　第三节蛋白质对接

　第四节蛋白质折叠与疾病

　思考题

　参考文献

第五章 真核生物基因组的注释

　**节 蛋白质编码基因的注释

　第二节RNA基因的注释

　第三节重复序列的注释

　第四节假基因的注释

　第五节 案例分析：黄瓜基因组的注释

　思考题

　参考文献

第六章蛋白质组学

　**节蛋白质组学概述

　第二节 蛋白质的大规模分离鉴定技术

　第三节蛋白质的翻译后修饰

　第四节蛋白质分选

　第五节蛋白质相互作用

　思考题

　参考文献

第七章系统生物学

　**节 系统生物学基本概念

　第二节 系统生物学基本技术与方法

　第三节先进的成像技术

　第四节基因表达调控网络

　第五节代谢网络

　第六节信号转导途径

　第七节 蛋白质一蛋白质相互作用网络

　第八节虚拟细胞

　思考题

　参考文献

第八章合成生物学

　**节合成生物学概述

　第二节合成生物学基础研究经典实例

　第三节 合成生物学应用研究经典实例

　思考题

　参考文献

第九章分子进化与系统发育

　**节分子进化与系统发育

　第二节 分子系统发育树的构建方法

　第三节系统发育树构建及应用

　思考题

　参考文献

第十章统计学习与推理

　**节统计学习与推理基础

　第二节统计模型与参数推断

　第三节 聚类分析、主成分分析与Fisher判别

　第四节 贝叶斯推理

　第五节隐马尔可夫模型

　第六节动态神经网络

　第七节支持向量机

　第八节MATLAB的应用实例

　思考题

　参考文献

第十一章 生物信息学编程基础

　**节Linux操作系统

　第二节 生物信息学中的编程语言

　第三节SQL及数据库编程

　第四节并行计算

　思考题

　参考文献

第十二章第二代测序技术及其应用

　**节测序技术概述

　第二节第二代测序原理

　第三节第二代测序技术的应用

　第四节 生物信息学在第二代测序中的应用

　思考题

　参考文献

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