『我一定要成为世界**的神奇宝贝训练师！』怀着这个远大梦想的小智与可爱的皮卡丘为伴，一同踏上修行之旅。途中，遇见了同样在旅行的少女——小霞，以及不打不相识的深灰市训练馆馆主——小刚，这三个与一只神奇宝贝为了得到参加神奇的联盟大赛所需要的徽章，不断地到各地训练馆去挑战。
小智曾经输给金黄市的娜姿和她的勇吉拉，为了打赢他们，和幽灵神奇宝贝——鬼斯通成了好朋友之后，再度向娜姿挑战。连双亲都不认的娜姿，*后被喜欢搞笑的鬼斯通逗得笑个不停，弄得再也没有力气战斗。于是小智他们成功地取得徽章。
接下来在彩虹市训练馆里，由于火箭队卑劣的战术，引发了火灾，小智不顾一切地冲入火场救出臭臭花，为了感谢小智，训练馆馆主将徽章送给小智。这次虽然很幸运，不过这也是小智与皮卡丘杰出的表现才达成的！

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