尤怡于仲景之学钻研甚深。其所著《伤寒贯珠集》，对不但对《伤寒论》原文进行了逐条注解，还采用以六经为纲，治法为目，以方类证的方法，对《伤寒论》原文次序做了重新的编排和归类，突出了伤寒治法特色。
该书共八卷，就六经各提其纲，于正治法之外，又列各经之变治法。如太阳原出之病以正治之法，其他则赅以权变法、斡旋法、救逆法及类病法等。阳明腑病多于经病，腑病予正治之法，有宜下、宜清、宜温之异；次为明辨法，以攻下及外导润下等法；又其次为杂治法，或散或下以疗病变发黄、蓄血等证。少阳居表里之间，当肓膜之处，外不及于皮肤，内不及于脏腑，有汗吐下之戒，惟小柴胡汤方和解表里，为少阳正治之法；其次则有少阳权变法，和解而兼汗、下之法；又其次为刺法。太阴中风则以桂枝汤发汗之法；经脏俱病之证，与先里后表之法。少阴为太阳之里，居厥太二阴之间，有邪在太阳而已内及少阴者，有寒中少阴而仍外连太阳者，有邪在少阴而或兼厥阴、或兼太阴者，其治法不外清法、下发、温法、生死法。厥阴病，阴极阳复，故宜先辨厥热进退，以明生死之机，次论生死微甚。厥阴有寒热，治则有清法、温法之别，次又有瘥后劳复等法。
尤氏《伤寒贯珠集》，以治法提挈纲领，条理

伤寒贯珠集序
卷一 太阳篇上
辨列太阳条例大意
太阳正治法**
太阳病脉证三条
桂枝汤脉证七条
桂枝汤方
桂枝汤禁三条
麻黄汤脉证七条
麻黄汤方
合病证治六条
葛根汤方
葛根加半夏汤方
黄芩汤方
黄芩加半夏生姜汤方
白虎汤方
辨伤寒受病阴阳不同一条
太阳病愈时日及欲解之候与传经之证六条
太阳权变法第二
不可发汗例十条
桂枝二越婢一汤脉证一条
桂枝二越婢一汤方
桂枝麻黄各半汤脉证一条
桂枝麻黄各半汤方
大青龙汤脉证二条
大青龙汤方
小青龙汤脉证二条
小青龙汤方
十枣汤证治一条
十枣汤方
五苓散证治一条
五苓散方
表实里虚四逆汤先救里一条
四逆汤方
阳微先汗阴微先下随脉施治一条
调胃承气汤方
伤寒里虚法先补里二条
小建中汤方
炙甘草汤方
结阴代阴脉法一条
太阳斡旋法第三
服桂枝汤后证治六条
桂枝二麻黄一汤方
白虎加人参汤方
桂枝汤去桂加茯苓白术汤方
甘草干姜汤方
……
卷二 太阳篇下
卷三 阳明篇上
卷四 阳明篇下
卷五 少阳篇
卷六 太阴篇
卷七 少阴篇
卷八 厥阴篇