三井寺的火光惊动了足利尊氏,他立刻意识到天皇的反扑已经开始,立刻率军前往京都三条河原,准备迎击新田义贞。新田义贞也早有准备,于一月十六日在京都东山摆开了阵势。新田义贞居高临下,观察敌阵,发现足利尊氏的军队人数众多,但因为足利军自关东而来,一路上招降纳叛,所以其军人多而不整。新田义贞心生一计,他命令一部分军队伪装成三井寺的僧兵,假作败逃,作为“内应”混进了足利军中。而足利尊氏见新田义贞背山布阵,料定其兵力不足,所以果断发起了进攻。双方一交手,大战几十回合以后,足利军中潜伏的那些“内应”突然举旗杀来,足利军猝不及防,自相残杀,陷入了崩溃。足利尊氏一路败逃,一度陷入绝境,幸好此时天时已晚,新田军停止了追击,这才逃得性命。
放虎归山,新田义贞很快就付出了代价。当晚,细川定禅率领敢死队发动夜袭,新田义贞身边的大军全被撒出去追击敌人未归,新田家的执事船田义昌等人在乱军中阵亡。新田义贞仅用了一晚上就丢掉了白天血战得来的胜果,被迫退回坂本,京都重新为足利尊氏所得。
不过新田义贞很快就获得了从东山道赶来的勤王军的协助,一月二十七日,新田义贞与楠木正成、北自显家等人再度发起进攻,他们分兵合进,北昌显家在山科布阵,藤原实世在赤山布阵,楠木正成、名和长年等在下松布阵,延历寺僧兵在鹿谷布阵,而新田义贞率军屯于北白河一带。足利尊氏也从京都派军队分兵迎战。楠木正成沿路放火,击败了足利军的前锋斯波高经,突破足利军防线。足利尊氏本人正和北自显家在四条河原交锋,新田军其他几路纷纷获胜,然后集中杀向四条河原。足利尊氏寡不敌众,再次丢盔弃甲,狼狈而逃。
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