本书总共包括五章。第1章为家养牛品种资源。第2章为候选基因、甲基化与microRNAs简况，主要包括Toll样受体家族与RLR家族中的部分候选基因，DNA甲基化概况与应用，microRNAs概况及在家养牛中的应用。第3章为候选基因变异同普通牛和瘤牛间抗病力差异的分析，主要包括Toll样受体家族与RLR家族的部分基因序列变异分析。第4章为全基因组重亚硫酸盐测序的普通牛和瘤牛的DNA甲基化差异分析，主要包括甲基化图谱，差异甲基化分析，GO功能和KEGG通路分析等。第5章为普通牛和瘤牛肝脏、脾脏组织中microRNAs的鉴定及差异表达分析，主要包括已知miRNAs和新miRNAs差异表达分析，差异表达已知miRNAs的靶基因预测与功能富集分析，RT-qPCR验证miRNAs的表达分析等。