《四库提要辨证》全书四百九十篇，其中经部六十一篇，史部一百八篇，子部二百十七篇，集部一百三篇， 可以说他关注的**，是在子、史二部，与清人的偏重经学小学有所不同。从所涉时代来看，包括了从上古到清代的各个时期，但以宋人著作为*多，达230种，接近全书的一半。凡此均可看出作者在博通中有所专擅的方面。
《四库提要辨证》所涉博大精深，对近五百种书中的各种复杂难解的问题，作出了精当科学的解析。所涉如一书作者之归属、成书之始末、内容之分合、流传之完残、传本之真伪等，都有很具体的指正和发明。应该说，《四库提要》中带有明确的倾向性的偏失是很明显的，如以汉学正统之立场贬抑宋学，对西学一知半解地轻率讥评等，批评较为容易，余先生对此虽所见十分明切，但因议论可因所见不同而发挥，毋庸逐一讨论或批评，故一般较少计较。

卷一
经部一
易类一四库全书总目卷一
周易正义十卷
周易集解十七卷
易类二总目卷二
易数钩隐圖三卷附遗论九事一卷
易类三总目卷三
易變体义十二卷
淙山讀周易记二十一卷
周易集说四十卷
周易象义十六卷
易类五总目卷五
周易象旨决录七卷
易类存目一
方舟易说二卷
易类存目三
易论 无卷数
书类一总目卷十一
书集传六卷
尚书精义五十卷
尚书集传或问二卷
书类二总目卷十二
书蔡传旁通六卷
尚书大传四卷補遗一卷
书类存目二总目卷十四
尚书引义六卷
诗类一总目卷十五
毛诗草木乌兽虫鱼疏二卷
毛诗名物解二十卷
……