为纪念在侵华目军南京大屠杀中遇难的同胞，南京市人民政府决定在江东门遇难同胞“万人坑”遗址建造纪念馆。1984年，在建馆过程中，曾发掘出大量的遗骨，当时由于条件所限。未能就地按原貌陈列，只将部分遗骨移往室内安放．供人瞻仰。多年来，日本右翼人士不断地对这件事进行攻击诬蔑，说这批遗骨是中国方面制造的假象，并非当年遗存。1998～1999年，纪念馆又在该遗址上，陆续清理发掘出208具受难者遗骨。这些遗骨，经过考古学者、历史学家、法医和医学专家，从不同的角度进行了科学的勘察、技术鉴定和化学分析，确认这些遗骨是当年遭日军杀害者无疑。特别是从埋葬现场观察和考证，遗骨埋葬密集，交错重叠，男女老幼无序群葬；遗骨扭曲变形、头颅分离移位，并有刀枪刺伤痕迹，这些情况均证明其非正常死亡的性质。
日本侵略军在南京犯下的滔天罪行，本是国际上公认的事实，早在1948年11月4日远东国际军事法庭在东京进行判决时，即指出：“南京及其附近被屠杀的平民和俘虏，总数达20万人以上。这种估计并不夸张，这由掩埋队及其他团体所埋尸体达15万5千具的事实就可以证明了。……这个数字还没有将被日军所烧弃了的尸体，投入到长江，或以其他方法

序
一 江东门“万人坑”遗址的史学考证
(一)日军在南京杀、烧、淫、掠的暴行
(二)1937年12月日军在江东门一带制造的大屠杀
(三)南京审判战犯军事法庭关于江东门一带屠杀的呈文及结文
1．南京市西区警察局搜集敌人在南京罪行资料调查表节录
2．胡炳森陈述胡春华在上新河地区被日军枪杀的结文
3．盛世征等为日军在上新河地区大屠杀致南京市抗战损失调查委员会呈文
(四)1937～1938年在江东门一带的尸体掩埋
1．崇善堂的掩埋
2．世界红万字会南京分会的掩埋
(五)江东门一带屠杀及尸体掩埋的证人证言
二 江东门“万人坑”遗址的发掘、鉴定及公证
(一)1984～1985年江东门“万人坑”遗址的初次发掘
1．江东门“万人坑”遗址的发现及侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆的筹建
2．初次在江东门“万人坑”遗址发掘遇难者遗骨
(二)1998～1999年江东门“万人坑”遗址的再次发掘
1．发掘与考证的概述
2．考古发掘与鉴定
3．法医学鉴定
4．医学鉴定
5．保全证据公证
三 遗骨的保护及陈列
(一)1984～1985年江东门“万人坑”遗址的遗骨处理与陈列后的反响
(二)1998—1999年江东门“万人坑”遗址的遗骨保护
(三)江东门“万人坑”遗址的建筑保护
(四)1998～1999年江东门“万人坑”遗址的陈列
后记