以西学、东学、中学为支点，打破分科治学的局限，不以变化为进化，不以现在为现代，从多学科的角度，用不分科的观念方法，全面探究近代以来中国的概念、思想、学科、制度转型的全过程和各层面，沟通古今中外，解析西学与东学对于认识中国历史文化的格义附会，重建中国自己的话语系统和条理脉络，深入认识中华民族新的智能生成运作机制形成的进程、状态和局限，认识世界一体化进程中东亚文明的别样性及其对人类发展提供多样选择的价值，争取和保持对于世界文明发展日显重要的中国历史文化解释的主动和主导地位。近代学术的清学纠结，折射出整个近代中国在中外文化冲突融合的缠绕中遭遇的困境。透过目前的习以为常，依稀可见曾经阵痛的脱胎换骨。在此过程中，看似兼收并蓄，其实外来学说的输入不免表浅变形，本来民族的地位则多有流失。

总说 / 1 **节问题的提出 / 2 第二节观念与取向 / 11 第三节做法与释疑 / 29 分说：近代学术的清学纠结 / 47 **章.“国史儒林”与“浙东学术”——阮元《儒林传稿》叙学成就管窥 / 57 **节《儒林传稿》所记黄宗羲一系学者 / 59 第二节黄宗羲一系学者与“浙东学术”的关系 / 67 第三节浙东学术指称的联系与分别 / 85 第二章.汉学名义与惠栋学统——《汉学师承记》撰述旨趣再析 / 89 **节易学与汉学发端 / 91 第二节求古与求是 / 102 第三节确立惠栋汉学正统 / 113 第三章.从“格致”到“科学” ——晚清学术体系的过渡与别择（1895—1905）/ 125 **节从 Philosophy到 Science的西学“格致”/ 125 第二��中西“格致”辨义 / 133 第三节“西学格致”体系的形成 / 141 第四节从“格致学”到日本“科学”/ 148 第五节严译“科学”与日本“科学”辨义 / 154 第四章.历史分期观念与“中国近世史”的生成 / 164 **节分期、进化、日本 / 165 第二节接受与再创 / 175 第三节以当世观近世 / 187 结语 / 194 第五章 李济的中国民族史研究——“去民族化”与推动中国科学发展的矛盾结合 / 197 **节摆脱“民族主义”的方法：体质、民族志与小范围区域比较 / 199 第二节中国民族史的范围 / 207 第三节人种研究的困境 / 210 余论为推动中国科学发展而坚持的人类体质研究 / 217 第六章.近代佛教界显密纷争的再探讨 / 222 **节“禅净”纠葛与“密净”分歧 / 224 第二节复兴道路的分离 / 238 第三节融会显密的努力 / 256 第四节由会通走向分离 / 271 结语 / 281 第七章 1930年前后中国关于“学术自由”“学术社会”的思想与制度 / 284 **节问题的提出 / 284 第二节关于建设“学术社会”的“思想”/ 288 第三节当时的“制度”及其问题 / 298 第四节学人的“行为”及其问题 / 303 结语“思想”和“制度”之间的矛盾 / 318 第八章 科学时代的人文主义 ——国难之际浙江大学学术转型 / 320 **节“办大学者不能不有哲学**思想” / 322 第二节“求是”校训 / 333 第三节新史学的追求：史地合一与应对国难 / 339 第四节义理与辞章：中西新旧之间 / 347 第五节政学纠葛：文学院革新运动 / 355 第六节科学时代人文主义的困境与出路 / 364 征引文献 / 369 人名索引 / 388