南京农业大学工学院是由我国最早创办的两个农业工程系——原金陵大学农业工程系和原中央大学农业工程系合并、发展而来，是我国农业工程学科的发源地之一。1952年院系调整时，两校的农业工程系合并成立南京农学院农业机械化系。1958年，南京农学院农业机械化系与江苏省南京农业机械化学校合并成立南京农学院农业机械化分院。1970年搬迁到镇江，与镇江农机学院（现江苏大学）合并，1985年迁回南京浦镇原址建立南京农业大学农业工程学院，2000年更名为南京农业大学工学院。