1982年，国务院古籍整理出版规划小组负责人李一氓建议重新整理出版《杨守敬集》。1984年5月5日，由北京师范学院历史系教授谢承仁为首的整理小组正式成立，收录包括《水经注疏》在内的杨守敬一生40余部重要著作的《杨守敬集》于1988年4月起陆续由湖北人民出版社公开出版发行。

**冊：
《鄰蘇老人年譜》
《禹貢本義》
《四書識小錄》
《論語事實錄》
《三亳考》
《漢書地理志補校》
《三國郡縣表補正》
第二冊：
《支那地志摘譯》
《隋書地理志考證》
第三冊、第四冊：
《水經注疏》
第五冊：
《水經注圖》
《水經注趙戴合校勘本》
《湖北江漢水利議》
《湖北金石志》
《荆州府志》
《晦明軒稿》
第六冊：
《歷代經籍存佚考》
《漢書二十三家注鈔》
《古詩存目錄》
第七冊：
《增訂叢書舉要》
《續群書拾補》
第八冊
《日本訪書志》
《日本訪書志補》
《日本訪書志續補》
《藏書絕句》
《學書邇言》
《激素飛清閣評碑記》
《激素飛清閣評帖記》
《三續寰宇訪碑錄》
《壬癸金石跋》
《鄰蘇老人題跋》
第九冊：
《寰宇貞石圖》
《高句麗好太王碑》
第十冊：
《熒陽鄭氏碑》
《泰山經石峪》
《匡喆刻經頌》
第十一冊：
《望堂金石》
第十二冊：
《古泉藪》
《飛青閣錢譜》
《元押》
第十三冊：
《楷法溯源》
《鄰蘇老人鄉試硃卷》
《影寫錄古定尚書商書殘卷》
《清客筆話》