21:一年前,在旅途中发生的事,在高空中飞行的客机中的杀人事件。在这异常狭窄的空间,凶手如何杀害目标?而凶器也不知所踪……这就是工藤新一的**次破案!少年侦探团被请到警察局,协助调查上次的青色古城事件,负责录口供的高木向他们透漏自己所案恋的人,就是同属搜查一课的女警佐藤美和子!平次和和叶到东京参加平次母亲同学的儿子的婚礼,柯南、小兰和小五郎也到场,就在众人用过晚餐准备离开时,三楼的窗玻璃突然被打碎,接着发生了杀人事件……
22:少年侦探团到电影院看哥美拉电影,得知这个电影院马上就要被迫拆掉了。而房主张田为了早日将电影院拆掉,运用各种卑鄙手段赶走观众。就在这*后一场电影放映过程中,银幕上突然出现了张田上吊的黑影……小五郎一行参加到小笠原的轮船旅行,却意外卷入了二十年前银行抢劫案的幕后策划者——叶才三的复仇行动!碰巧也参加了这次旅行的平次和柯南并肩搜查,却被凶手残忍地推下了大海……