故事发生在1866年，法国人阿尤纳斯教授是一位生物学家，他应邀赴美参加一项科学考察活动。这时，海上出了个怪物，在全世界闹得沸沸扬扬。科考活动结束之后，阿罗纳克斯教授正准备返回法国，却接到美国海军部的邀请，于是改登上了一艘驱逐舰，参与“把那个怪物从海洋中清除出去”的活动。
经过千辛万苦，“怪物”末被清除，驱逐舰反被“怪物”重创，阿尤纳斯教授和他的仆人，以及为清除“怪物”被特意请到驱逐舰上来的一名捕鲸手，都成了“怪物”的俘虏！结果发现“怪物”是一艘名“鹦鹉螺”号的，尚不为世人所知的潜水艇。
潜艇对俘虏倒也优待；只是，为了保守自己的秘密，潜艇艇长尼摩从此永远不许他们离开。阿尤纳斯教授一行别无选择，只能跟着潜水艇周游各大洋。十个月之后，这三个人终于在极其险恶的情况下逃脱，阿尤纳斯教授才得以把这件海底秘密公诸于世。

**章 飞逝的大怪礁
公元1866年，让人刻骨铭心难以忘怀。这一年，发生了一起稀奇古怪的事件。对于这起尚未得到合理解释的奇异现象，毫无疑问没有准能够忘记。当时，海员们的心情特别激动，更不用提那些被各种形形色色传闻搞得心神不安的港口居民了。关注这件事的人范围广泛，包括欧洲和美洲的大商贾、船主、船长或各类船只的掌舵人、世界各国的海军官员��以至后来上述两大洲的各国政府。
不久以前，有好几艘船只在海上碰见了一个“庞然大物”：长长的，梭状，有时泛出磷光，体积比鲸鱼大得多，行动也比鲸鱼快得多。
与它有关的事实（各种航海日志所记载的）：诸如这个物体或是这个生物的形状，它行进时快得出奇的速度，它运动中显示出的令人吃惊的能量，它那种像是天赋的生命活力等方面，相互之问还是相当吻合的。如果说这是一种鲸类动物的话，它的体积却大大超过了该学科中曾经加以归类的鲸鱼。
将几次观察的结果平均一下——摒弃那些保守的估计，即认为这个物体有200英尺长，同时也不赞同那些夸大其辞的看法，认为其有一海里宽3英尺长——我们可以十分确定地下结论，假如这个不同凡响的生物真实存在的话，那么，它的体积大大超过了时至**所有鱼类学家们所认同过的各个鱼类的体积。
然而，这个物体的存在却是个不容否认的事实。因此，对于它这般神奇的超自然事物出现给整个世界带来的激动，我们凭着人类所固有的好奇心便可以很容易理解了。至于认为这是子乌虚有的论调，则是毫无意义的。
……

**章 飞逝的大怪礁
第二章 支持与反对
第三章 悉听先生尊便
第四章 尼德·兰
第五章 一次冒险
第六章 全速前进
第七章 无名鲸鱼
第八章 动中之动
第九章 尼德·兰的愤怒
第十章 海中人
第十一章 “鹦鹉螺号”
第十二章 **的电
第十三章 精密数据
第十四章 黑水流
第十五章 一封邀请函
第十六章 海底漫步
第十七章 海底森林
第十八章 太平洋下四千里
第十九章 瓦尼科罗群岛
第二十章 托里斯海峡
第二十一章 陆地上的几天
第二十二章 尼摩船长的雷电
第二十三章 强迫睡眠
第二十四章 珊瑚王国
第二十五章 印度洋
第二十六章 摩尼船长的新主张
第二十七章 一颗价值千万的珍珠
第二十八章 红海
第二十九章 阿拉伯海底隧道
第三十章 希腊群岛
第三十一章 48小时之内的地中海
第三十二章 维哥湾
第三十三章 沉没的陆地
第三十四章 海底煤矿
第三十五章 萨尔加斯海
第三十六章 抹香鲸和长须鲸
第三十七章 冰山
第三十八章 南极
第三十九章 意外还是事故？
第四十章 缺氧
第四十一章 从合恩角到亚马逊河口
第四十二章 章鱼
第四十三章 海湾暖流
第四十四章 北纬47.24度，两经17.28度
第四十五章 大屠杀
第四十六章 尼摩船长的*后几句话
第四十七章 结尾