什么是病？什么是药？病，即是由于不调和所起的现象，如经说：“一大不调，百一病生。”人的身体，某一部分不调和，即会有病，更会影响到全身的不调和。心的不调也是这样，我们心理若是有点反常现象，或是有了某种烦恼，便会牵连及全部精神的不安。此经阐述的是药师如来在未成佛的本因位上，发大愿、立大志所成就的功勋德业。经名亦告诉人们，这部经是已获修行成功，已成为“药师琉璃光如来”的药师佛。

悬论
一 叙缘起
二 释经题
三 明翻译
正释
甲一 缘起分
乙一 叙事证信
乙二 礼请起说
甲二 正宗分
乙一 如来开示
丙一 依正行愿
丁一 总标依正
丁二 别陈行愿
戊一 行愿
己一 总说
己二 别叙
庚一 生佛平等愿
庚二 开晓事业愿
庚三 无尽资生愿
庚四 安立大道愿
庚五 戒行清净愿
庚六诸根具足愿
庚七身心康乐愿
庚八转女成男愿
庚九回邪归正愿
庚十从缚得脱愿
庚十一 得妙饮食愿
庚十二 得妙衣具愿
己三 总结
戊二 果德
己一 说略指广
己二 以西喻东
己三 以伴赞主
丁三 结劝往生
丙二 善巧方便
丁一 闻名忆念益
戊一 离恶益
己一 离悭吝贪惜恶
己二 离毁犯见慢恶
己三 离嫉妒诽谤恶
己四 离斗讼咒诅恶
戊二 得善益
己一 得往生净土益
己二 得上生天国益
己三 得还生人间益
己四 得转生丈夫益
丁二 持咒治病益
戊一 由愿观苦
戊二 人定说咒
戊三 持咒灭苦
戊四 结劝受持
丁三 供养受持益
戊一 供养得护持益
己一 修供养行
己二 得护持益
庚一 曼殊护持
庚二 诸天护持
戊二 受持得加被益
己一 受持仪轨
己二 受持效益
庚一 获福益
庚二 免难益
辛一 百怪出现难
辛二 一 切怖畏难
辛三 内乱外患难
辛四 毁犯堕落难
辛五 女人生产难
丙三 德行叵思
丁一 信解难得
戊一 问答决定
戊二 信谤德失
戊三 信解希有
丁二 功德无尽
乙二 菩萨弘传
丙一 开示弘通
丁一 救病难以延命
戊一 说延寿法
己一 起说
己二 正明
庚一 病患垂危
庚二 神识受报
庚三 作福续命
……