《吐鲁番考古记》内容分为文字版“吐鲁番考察经过”“遗物说明”和文物图版两部分，刊布了黄文弼两次在吐鲁番考察所获重要古籍和文书写本、钱币、拓片、壁画等珍贵资料。本书与《高昌陶集》《高昌砖集》合称“吐鲁番三部曲”，是吐鲁番研究的奠基之作。

一、吐鲁番考察经过 次工作经过 2 （一）高昌城之沿革 4 （二）高昌古城之现状 5 （三）高昌古城附近之情形 6 第二次工作经过 二、遗物说明一：古籍写本及题记 （一）《毛诗·简兮》校记 24 （二）《尚书·大禹谟》校记 27 （三）《孝经·三才章》校记 27 （四）《孝经·□宗明义章》 校记 29 （五）佛书《善见律》音义校记 30 （六）佛书音义校记 30 （七）《文选序》校记 32 （八）阴阳杂书校记 32 （九）《佛说首楞严三昧经》及题记 34 （一〇）《维摩诘所说经注·方便品第二》 35 （一一）比丘尼僧写《涅槃经》题记 36 （一二）为开元皇帝祈福文残片 37 （一三）观音奴别译文题识 37 （一四）汉文佛经印本 38 （一五）《金刚般若波罗蜜经》拓本 39 三、遗物说明二：古文书写本（附钱币及碑志拓本） （一）白雀元年物品清单 40 （二）□露二年残牒 41 （三）安末奴等纳驼状 43 （四）西州征物残牒 44 （五）开元十三年征物残牒 44 （六）张元璋残牒 45 （七）府司阿梁状词并批 45 （八）高昌县征夫残状 46 （九）虞候司及法曹司请料纸牒 47 …………