质谱诞生于20世纪初期,开始主要用于同位素及其丰度的分析测定。质谱在化学分析领域用于有机物的定性和定量分析始于20世纪40年代早期，随之得到了迅猛发展。将有机质谱与核磁共振波谱、红外吸收光谱、紫外吸收光谱联合起来应用(即所谓的四大光谱)，完全革新了有机化学工作者测定和研究有机化合物结构的工作方式。有机质谱在生物医药学中*早涉及的领域是**代谢的研究。目前在新药的研究中，从新药先导化合物的发现到新药的生产、销售和储存等整个新药研发过程中，有机质谱均发挥着重要的、不可取代的作用。

**章 有机质谱在蛋白质组学中的应用
人类基因组计划于1990年启动，经多个跨国研究团队十多年的努力，于2001发表了人类基因组框架图，并于2003年完成了人类基因组的全部测序。这是生物学发展史上的一个里程碑。随着人类基因组计划的实施和推进，生命科学已进入了后基因组时代。后基因组时代生命科学研究的**是基因的功能，即功能基因组学。当前世界范围内的科技工作者正在从转录组学、蛋白质组学和代谢组学等重要途径探索基因的功能。
蛋白质是细胞按基因蓝图制造的*终产物，是关键的结构和功能分子，是生命活动的执行者和体现者。1994年Wilkins和Williams首先提出了蛋白质组（proteome）的概念，蛋白质组是一种细胞，或一种组织内的基因在一特定条件下表达的所有蛋白质。蛋白质组学（proteomics）是20世纪90年代中期出现的一门新兴学科，它研究一种生物体、一种器官或一种细胞器中所有蛋白质的特性、含量、��构和其生化与细胞功能，以及它们随空间、时间和生理状态的改变而发生的变化。蛋白质组学是以细胞或生物体内存在的全部蛋白及其活动规律为研究对象，它是继基因组学之后，在分子水平了解生命过程的逻辑性的第二步，是后基因组时代生命科学研究的核心内容之一。
早在蛋白质组概念提出之前的1975年，O'Farrell、Kiose和、Scheele引入了二维凝胶电泳，并用其分别对大肠杆菌、小鼠和豚鼠的蛋白魔图谱进行了类似的研究。这些研究可将很多的蛋白质分离和显示，但不能鉴定。其后有人提出了人类蛋白质大规模分析计划，该计划的目标是应用二维凝胶电泳和其他方法，把所有人类蛋白质编成目录，称之为人类蛋白质索引（human protein in—dex）。但由于资金和技术上的限制，该计划未能继续实行。 有机质谱对生命科学的发展具有重大的影响，是蛋白质组学和代谢组学中的关键核心技术，已成为探索生命奥秘的重要工具之一。在新药的研究中，从新药先导化合物的发现到新药的生产、销售和储存等整个新药研发过程，有机质谱均发挥着重要的不可取代的作用。本书深入浅出地论述了有机质谱在生物医药学中的应用，全书共6章，介绍了有机质谱在蛋白质组学中的应用；生物质谱在生物分子间非共价键相互作用研究中的应用；糖基化蛋白质的生物质谱分析；质谱技术在天然**研究中的应用；质谱在组合化学研究中的应用；串联质谱技术与药代动力学和**代谢研究。本书适于从事质谱分析，生物医学和药学的科研人员参考，也可作高等学校分析化学、生物化学及药学专业等师生的参考书。
质谱诞生于20世纪初期,开始主要用于同位素及其丰度的分析测定。质谱在化学分析领域用于有机物的定性和定量分析始于20世纪40年代早期，随之得到了迅猛发展。将有机质谱与核磁共振波谱、红外吸收光谱、紫外吸收光谱联合起来应用(即所谓的四大光谱)，完全革新了有机化学工作者测定和研究有机化合物结构的工作方式。有机质谱在生物医药学中*早涉及的领域是**代谢的研究。目前在新药的研究中，从新药先导化合物的发现到新药的生产、销售和储存等整个新药研发过程中，有机质谱均发挥着重要的、不可取代的作用。在质谱的发展过程中，20世纪80年代后期出现了历史性的巧合，同期出现了电喷雾电离技术质谱和基质辅助激光解析电离技术质谱，开创了有机质谱分析研究蛋白质等生物大分子的新纪元，对生命科学的发展产生了重大的影响。当前有机质谱是蛋白质组学和代谢组学中的关键核心技术，成为探索生命奥秘的重要工具之一。本书深入浅出地论述了有机质谱在生物医药学中的应用，全书共有6章。**章由杨松成编著；第二章由郭寅龙、刘晗青和俞翀天编著；第三章由桑志红编著；第四章由再怕尔·阿不力孜编著；第五章由潘远江编著；第六章由王洪允、胡蓓和江骥编著。由于编著者的水平有限，书中难免存在疏漏和不妥之处，恳请读者批评指正。

编著者
**章 有机质谱在蛋白质组学中的应用1
**节 蛋白质组学的类型2
一、表达蛋白质组学2
二、功能蛋白质组学3
三、结构蛋白质组学3
第二节 蛋白质组学中的研究技术3
一、样品的制备3
二、蛋白质的分离4
三、蛋白质的质谱鉴定7
四、定量蛋白质组学12
五、蛋白质组学的研究策略17
第三节 蛋白质组学的主要应用23
一、蛋白质表达谱的研究23
二、蛋白质翻译后修饰的研究23
三、蛋白质蛋白质相互作用的研究25
四、生物标志物的检测和分析27
第四节 小结32
参考文献32

第二章 生物质谱在生物分子间非共价相互作用研究中的应用37
**节 概述37
一、生物质谱的概况37
二、生物分子间非共价相互作用研究手段的比较39
三、生物质谱研究生物分子间非共价复合物的概况和进展41
四、电喷雾质谱研究生物分子间非共价复合物的重要实验参数43
第二节 蛋白质和其他生物分子的非共价相互作用的研究44
一、蛋白质蛋白质（多肽）的非共价相互作用的研究44
二、蛋白质/多肽小分子非共价相互作用的研究45
三、多肽金属离子复合物的研究47
四、蛋白质的其他复合物48
第三节 核酸和其他生物分子的非共价相互作用的研究48
一、DNA和蛋白质的非共价相互作用研究49
二、RNA和蛋白质非共价复合物的研究50
三、DNA和小分子的非共价复合物研究51
四、DNA金属离子复合物的研究52
参考文献54

第三章 糖基化蛋白质的生物质谱分析60
**节 糖蛋白的特点61
第二节 糖蛋白的生物质谱分析63
一、质谱技术63
二、糖蛋白的质谱分析65
第三节 小结71
参考文献71

第四章 质谱技术在天然**研究中的应用73
**节 分子量的确定74
一、EIMS及CIMS的应用74
二、FABMS和ESIMS的应用75
第二节 串联质谱方法在天然产物结构分析中的应用79
第三节 天然产物混合物的成分分析90
一、天然产物混合物中已知成分的结构分析91
二、在天然产物未知成分结构分析中的应用91
三、在天然产物成分定量分析中的应用96
第四节 小结97
参考文献97

第五章 质谱在组合化学研究中的应用100
**节 前言100
一、组合化学基础100
二、组合化学中的质谱分析法100
第二节 质谱在组合化学库识别及反应跟踪中的应用101
一、质谱在组合化合物库中的应用102
二、MALDIMS在组合化学反应跟踪中的应用105
三、ESIMS在组合化学反应跟踪中的应用105
第三节 质谱在纯化组合化学库中的应用107
第四节 质谱在化学库生物活性成分筛选中的应用109
一、生物亲和筛选110
二、筛选修饰过的蛋白质112
三、催化剂的筛选113
第五节 小结114
参考文献115

第六章 串联质谱技术与药代动力学和**代谢研究117
**节 串联质谱技术的基本原理117
第二节 串联质谱与色谱联用技术121
一、LCMS/MS联用系统的整合：API接口技术实现了液质真正意义上的联用122
二、LCMS/MS接口技术的新进展123
三、LCMS/MS与**研究124
第三节 串联质谱技术与药代动力学研究124
一、新药研究与药代动力学124
二、串联质谱技术在现代药代动力学研究中的作用126
三、LCMS/MS在药代动力学研究中的定量策略129
第四节 串联质谱技术在**代谢研究中的应用144
一、串联质谱技术确证代谢物结构的基本步骤144
二、串联质谱技术在**代谢产物结构确证中的应用145
参考文献149
附录152
Ⅰ缩写符号表152
Ⅱ有机质谱中常用同位素的**质量和丰度154
……