小小名侦探江户川柯南,其实是被谜样组织强行灌下毒药,导致身体缩小的高中生名侦探——工藤新一。事实上,柯南班上的转学生灰原哀原是神秘组织的一名科学家,但因喝下相同的毒药而身体缩小,现在她隐藏自己的真正身份,并暂时住在阿笠博士家中。行为举止不像普通小孩的这两人,和元太、光彩、步美这些天真活泼的小学生组成了[少年侦探团]。但是因为他们好奇心太过旺盛,常让柯南担心不已。有**,外出露营的阿笠博士及少年侦探团因为迷路而来到了一座奇怪的孤城。柯南在那里发现了城堡中的秘密通道。就在此时, 冷不防柯南的背后遭到了的一击……